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都市計畫整體開發地區處理方案自 98 年 05 月 08 日修正按都市計畫書附帶規定應辦理整體開發之土地，應依規定辦理整體開發，始符合都市計畫實施之公平原則及其基本精神。然而高雄市亞洲新灣區(高雄市多功能經貿園區特定區計畫)特倉區規定，須採取整體開發並限制建築，導致申請人無法更新廠房設備，造成營運損失嚴重。
部分業者表示，由於「整體開發」限制建築，導致消防設施老舊，無發更新符合最新消防法規之要求，導致廠房無法繼續使用，經營困難。其次，本區劃定公共設施土地占比40.3%，致使金融機構無法認定為擔保品， 影響原有廠商金融機構原有融資額度，導致須增加擔保金及利息負擔，增加廠商營運成本與風險。再其次，土地使用關定劃定之特倉區土地占比69.7%，地價稅率為5.5%，導致廠商作為工業使用土地無法依工業用地稅率1%繳交地價稅，造成廠商不合理繳稅，造成廠商成本增加，業者苦不堪言。
業者同時表示，依據高雄市政府於99年7月29日公告發布實施，修正「都市計畫法高雄市施行細則」，即日起物流、倉儲、汽車貨運、醫療保健業等行業可於甲、乙種工業區設置，亞洲新灣區特倉區已無設置之必須，回復「智慧製造園區」(工業區)，讓業者可以轉型透入綠色產業的發展，對於目前高雄市卻少工業用地達300公頃的窘迫性，更有助於高雄市產業轉型升級 ，增加高雄市科技產業就業機會。
